Les variables ipv6_enable et ipv6_prefer sont dépréciées sur FreeBSD 9.1-RELEASE et encore plus sur 9-STABLE, et après un long moment à me demander pourquoi le serveur perdait sa route par défaut, qui en plus était mauvaise, un peut de man rc.conf et j'ai fini par trouver comment bien faire.

Un prérequis pour toutes les confs :

ipv6_activate_all_interfaces=yes # pour activer l'ipv6 sur toutes les interfaces
ipv6_network_interfaces="em0" # em0 pour l'interface sur laquelle on souhaite activer l'ipv6 si on en veut pas partout
ip6addrctl_policy="ipv6_prefer"

Configuration statique :

ifconfig_em0_ipv6="inet6 abcd:ef01:2345:6789::1 prefixlen 64"
ipv6_defaultrouter="abcd:ef01:2345:6789:ff:ff:ff:ff"

Configuration automatique :

ifconfig_em0_ipv6="inet6 accept_rtadv"

Une définition d'alias sur une interface :

ifconfig_em0_alias0="inet6 2001:41d0:8:b81f::2 prefixlen 128"

Exécuter le script /etc/netstart pour que la configuration soit prise en compte sans redémarrage. Attention à ne pas se tromper, ça pourrait bien couper la connexion SSH :)